生物除磷在應用中受微生物生長環境限制，不如化學除磷劑使用效果快、應用性強，但因其處理成本低、環保無害而備受歡迎。
生物除磷的機理是微生物聚磷細菌通過缺氧狀態下吸收揮發性脂肪酸，同時釋放出存儲的磷，在有氧狀態下，聚磷細菌吸收水中磷。生物除磷就需要保證聚磷細菌能正常生長繁殖，而充足的揮發性脂肪酸可以讓其在厭氧區順利釋放磷。
影響生物除磷的因素有哪些？
1、溶解氧：
水中溶解氧數量直接影響到聚磷菌的生長狀況、釋磷能力以及PHB的能力。
2、pH值：
一般來說，磷在厭氧釋放過程中需將pH值保持在6-8之間較為穩定，低于6.5則除磷效果會降低。
3、溫度：
聚磷菌在5～30°C的范圍內，都可以得到很好的除磷效果。在低溫狀態下，厭氧區微生物就需要停留更長一些時間，以保證發酵順利進行。
4、厭氧區硝態氮。
硝態氮的存在同樣會消耗有機基質而抑制聚磷菌對磷的釋放，從而影響在好氧條件下聚磷菌對磷的吸收。另一方面，硝態氮的存在會被部分生物聚磷菌(氣單胞菌)利用作為電子受體進行反硝化，進而影響其以發酵中間產物作為電子受體進行發酵產酸，從而抑制了聚磷菌的釋磷和攝磷能力及PHB的合成能力。
5、BOD負荷和有機物性質。
廢水生物除磷工藝中，厭氧段有機基質的種類、含量及其與微生物營養物質的比值(BOD5/TP)是影響除磷效果的重要因素。不同的有機物為基質時，磷的厭氧釋放和好氧攝取是不同的。建議BOD5/TP要大于15。
6、污泥泥齡：
一般來說，厭氧區的停留時間越長，除磷效果越好。但過長的停留時間并不會太多地提高除磷效果，而且會有利于絲狀菌的生長，使污泥的沉淀性能惡化，因此厭氧段的停留時間不宜過長。建議以除磷為目的的生物處理工藝，污泥齡一般控制在3.5～7d。
